充分、稳定的经费是高校智库建设的前提和保障，经费制度是否合理很大程度上决定了高校智库的发展水平。“决策咨询制度与中国特色新型智库研究”课题组（以下简称“课题组”）对北京、上海、广州等地多家高校智库和部分高校财务处进行了深度访谈，发现当前高校智库的经费直接受现行高校财务制度管理。由于高校智库与传统高校科研机构在定位、功能、运作机制上存在较大的差异，现行高校财务制度在很大程度上制约了高校智库的发展。因此，推动中国特色新型高校智库的发展急需完善高校智库经费制度。

　　高校智库经费制度现状

　　从来源上看，高校智库的经费以政府拨款为主，社会资金为补充。大多数高校智库属于学校二级或三级机构，其经费由学校拨付，主要来自财政拨款和项目经费；部分高校智库的经费直接来自于政府的高校智库专项资金，学校以场地或编制的方式提供配套，如上海市教委牵头成立的18家高校智库；少数高校智库的经费来自于企业捐赠，如中国人民大学重阳金融研究院和华南理工大学公共政策研究院；少数高校智库的经费来自于国外机构，如清华—卡耐基全球政策中心和清华—布鲁金斯公共政策研究中心。

　　从管理主体来看，高校智库的经费均由高校财务部门统一管理。由于高校智库不具备独立法人资格，各种来源的经费均统一划入高校财务系统进行管理。

　　从管理方式来看，主要采取项目制为基础的经费管理制度。高校智库的经费预算和决算按照现有项目经费管理制度进行。虽然每所学校对纵向项目资金和横向项目资金的具体管理办法略有差异，但总体参照国家基金的管理办法，按劳务费、会议费、资料费等逐项按比例管理经费支出。

　　现行经费制度存在的问题

　　具体来说，高校智库沿用现行科研经费制度存在以下突出问题。

　　第一，经费来源单一，影响高校智库研究的独立性。现行的经费制度对高校智库接受社会资金、境外资助等多有限制，致使高校智库的绝大部分经费直接或间接来自于政府，而企业、社会基金和个人捐赠等社会资金参与高校智库建设尚属少数。

　　第二，经费结构不合理导致经费使用效率低下。高校智库的主要投入是研究人员的智力，而现行高校科研经费管理设置了较低的劳务费比例，且有限的劳务费不能发放给有工资性收入的项目组成员。这一方面降低了高校智库对专职研究人员的吸引力，不利于高校智库的实体化建设；另一方面导致大量科研经费花不出去，经费使用效率极低。

　　第三，项目管理与经费管理分离，部门之间缺乏协同合作。在现行制度下，项目管理归高校社科处或科技处，经费管理归高校财务处。项目管理部门和经费管理部门之间存在信息不对称、业务周期不一致的情况，催生许多“突击花钱”的怪象。

　　第四，精细化的全过程管理导致研究人员疲于应对财务规范要求。现行经费制度对科研项目进行精细化的过程管理，财务专家在重大项目申报、验收时拥有一票否决权。复杂的票据要求、琐碎的报销程序导致研究人员，尤其是青年研究人员，很大精力浪费在财务报销上，不利于提高高校智库的成果质量。