在耶鲁大学300余年的发展历程中，宗教学研究领域逐渐由单纯的基督教研究转向跨宗教文化和跨学科领域，一些专门的研究机构相继成立。

　　成立于1822年的耶鲁神学院与哈佛神学院、普林斯顿神学院齐名，是跨教派且无教派归属的神学研究机构，目前提供神学硕士、宗教艺术硕士和神圣神学硕士三种硕士学位教育。神学家兼诗人约纳森·爱德华兹、基督教社会伦理学家理查德·尼布尔及和平运动家威廉·斯隆·科芬曾在此执教。

　　耶鲁大学宗教研究系于1963年成立，隶属于研究生院，为耶鲁学院本科生提供关于世界各大宗教传统和文明史的课程，并授予艺术学士学位，为研究生授予哲学博士学位，在美国宗教史、古代基督教、亚洲宗教、伊斯兰研究、犹太研究、新约、旧约或希伯来圣经、宗教哲学、宗教伦理和神学十个领域开展研究。

　　耶鲁神学院与宗教研究系构成了耶鲁大学宗教学研究和教育的主要基地。在圣经学术研究和希腊化犹太教方面，耶鲁神学院有着悠久的学术传统。前院长哈罗德·亚崔吉在新约阐释、希腊化犹太教研究和早期基督教等方面均有建树，其新著《使徒托马斯行传》对五部伪使徒行传做了深入的考释。现任院长格雷戈里·斯德林专长于希腊化犹太教新约研究，主要研究亚历山大的斐罗、约瑟夫和路加使徒的作品，第二圣殿时期犹太人和早期基督徒之间的相互作用等。约翰·柯林斯是旧约批判解释讲席教授，其研究领域广泛，涉及大卫教派、智慧书、希腊化犹太教和死海古卷。希伯来圣经讲座教授乔尔·巴登是摩西五经、圣经希伯来语和圣经研究方面的专家，其新著《历史上的大卫王》颠覆了大卫王的传统英雄形象，展现了其自负和残暴的一面，提出了圣经论述的本质和大卫血统的历史延续性问题。